加州大学圣地亚哥分校的电气工程师团队开发了一种新型的全基因组比较分析方法，名为CASTER。这一创新可以帮助研究不同物种在地质时间尺度上的关系，揭示进化如何塑造现代基因组及生命树的结构。
CASTER为生物学家提供了一种比现有最先进技术更具可扩展性的全基因组比较方案。考虑到现存和灭绝物种的基因组数量急剧增加，这一点尤为重要。所有这些基因组均可通过系统发育基因组学分析进行比较研究。CASTER能够提供可解读的结果，帮助生物学家理解物种之间的关系以及基因组不同部分的进化历史。
“自2000年代初以来，许多研究声称进行了‘全基因组’的系统发育重建，但这些研究往往是基于基因组中分散的子采样区域，仅占每个研究的基因组一小部分。分析所有基因组位置并使用复杂模型似乎难以实现，”加州大学圣地亚哥分校的电气工程教授、该研究论文通讯作者Siavash Mirarab表示。“令我兴奋的是，如今我们能够利用广泛可用的计算资源，进行真正的全基因组分析，比较每个物种之间所有的碱基。”
“这一里程碑的实现需要来自统计学、计算机科学及生物学等多个学科的共同努力，”论文的第一作者、加州大学圣地亚哥分校生物信息学与系统生物学博士、目前任职于哥本哈根大学的张超表示。
杂志：Science
DOI：10.1126/science.adk9688
